Es el resto de un antiguo canal marino que unía las bahías de Neiba y Puerto Príncipe (Haití). Está situado a aproximadamente 44 metros bajo el nivel del mar. El nivel del lago oscila debido a la fuerte evaporación de la zona, que no se compensa simultáneamente por la lluvia y el escurrimiento de las aguas superficiales de la cuenca, así como debido a las lluvias de los huracanes y los desbordes de los ríos. En 1990, se encontraba a 34 metros bajo el nivel del mar mientras que en 1979 llegaba a casi 46 metros bajo el nivel del mar. La tendencia histórica es a disminuir debido a que las aguas que lo alimentan están siendo usadas en la agricultura y consumo en las ciudades, mientras que la evaporación es constante.

La profundidad del fondo del lago es variable y es mayor al norte de la Isla Cabritos, con una cota 79 metros bajo el nivel del mar. Para 1979, antes del paso del Huracán David, la profundidad al norte de Cabritos era de 19.5 metros mientras que al sur era de solamente 7.6 metros. En 1980, al año del paso del Huracán David, la máxima profundida al norte era de 23.4 metros mientras que en el lado sur era de 12.3 metros.

La salinidad del Lago Enriquillo es mayor que la del mar y la variación depende principalmente de la evaporación. En la parte norte del lago se ha encontrado valores máximos que superan los 66 ppm (partes por millón) en el fondo, lo que hace que el lago sea hipersalino.

La temperatura en toda la zona es relativamente alta, oscilando entre 27 °Celsius a 28 °Celsius, llegando incluso a 36 °Celsius. La precipitación es baja ya que el lago se encuentra en una zona seca. La precipitación media anual es de 500 milímetros que se concentran en dos épocas: mayo-junio y septiembre-octubre.

Islas

Sus tres islas también están bajo el nivel del mar. La '''Isla Cabritos''' es la más importante (12 x 2.2 kilómetros), de forma alargada. Las otras dos islas son '''Barbarita''' (también conocida localmente como "Chiquita") y la '''Islita'''. En sequías prolongadas, estas islas, en especial las dos últimas, se convierten en penínsulas pudiéndose llegar a ellas caminando